джут впитывает воду и затягивает под бревно

Сколько бы не утверждали реализаторы джута, что это безупречный вечный, не гниющий и сохраняющий жилище материал. Это не совсем так. Джут действительно не гниет. Это благодаря насыщенности этого растения смолами лигнина. И, благодаря же этим смолам сие растение, как материал, не долговечно. Дело в том, что лигнин, подобно целлюлозе подвергается окислению. Стало быть, благополучно разлагается, как и должно быть растительному природному материалу.
Джут не гниет - это правда. Но он и не восстанавливается. А при намокании теряет свои теплоизоляционные свойства насовсем. А влагу он очень любит и отлично ее впитывает, но содержит ее в себе, поэтому сухой на ощупь. Сохнет джут очень плохо, а всю впитанную влагу отдает окружающей его (в частности) древесине, от чего та гниет.
Так как джут - дар природы, его обожают птички, таракашки и грызуны (растаскивают его по своим жилищам).
В общем джут - вариант не из лучших.
В Вашем случае следует: в солнечный летний день выкатить закладное бревно и хорошенько его просушить. Для конопатки лучше выбрать другой материал. А для защиты межвенцовых соединений от влаги и потери тепла, и избавления себя от ежегодного законопачивания швов, используйте специальный герметик "Теплый шов"